まず、カードを購入する場として候補に挙がるのが

１：店頭

２：通販

３：オークション

とりあえず、この３つだと思います
もちろん、知人同士で売買する事もあるでしょうし、場合によってはトレードもカード入手の方法の１つですが
ここでは、購入方法を比較しようと思いますので一旦、置いておきます

まず、安心感が１番あるのは自分の目で確認して買うことができる店頭だと思います
これは、シングルを買う場合などは非常に重要かもしれません
プレイが中心の方はとりあえず、カードの種類が間違っていなければ構わないと思いますが
収集目的の方ならカードの状態や絵柄が確認されていなければ少々、不安だと思います
ただ、シングルでなくブースターなどを購入する際はこういった点は問題にはならないと思います
逆に安心感が１番ないのはオークションと言えるかもしれません
通販はとりあえず、提供しているのは「店」なので商品管理や対応はしっかりしていると思います
もちろん、規模の差はあると思いますが大きい企業ならそういった部分は安心できると思います
ただ、オークションは普通、個人がやっているものなので商品管理や対応が悪いこともしばしばです
大きめなオークションサービスでは出品者の評価等が載っていたり詐欺等に対しての対策も施されていますが
掲示板などで行われているオークションは何も保障するものがないのでかなり不安だと思います
ただ、それなりのリスクはありますが自分の適値で購入できるという点を忘れてはいけません

次に値段ですがこれは一概には言えませんので
それ以外にかかる費用を比較してみましょう
店頭に行く場合、徒歩や定期でいける人は実質、費用は０ですが
定期圏外や公共の交通機関を使う場合は交通費がかかります
通販では交通費はかかりませんが送料や振込み手数料がかかります
場合によってはサーパラショップのように一部送料がかからないショップもあります
交通費や通販にかかる諸費用もマチマチですのでここで比較することはできませんが
ご自分で比較してみてどちらが「総合的に」安いか判断してみて下さい
総合的というのは後に説明します

そして、購入する上で外せない商品量です
これも店舗の規模によって変わりますが
自分の最寄のショップの数よりもネット上にあるショップの方が多いです
山手線を１周した店舗の数とネットショップの数、はたしてどちらが多いいか？と言われると自身が薄れますが
それでも、手間を考えた場合、ネットの方が便利ではあると思います

以上点を考慮すると
ネットで買えとは言えませんが、一度はチェックした方が良いと思います
というのも先ほど、値段の所で上げた「総合的な」安さ
つまり、商品の値段＋諸経費＋時間等で判断という事です
商品の値段が２００円安くても交通費が送料よりも３００円高ければ通販の方がお得です
また、色々な店を回る場合は時間もかかりますし、疲れますし場合によっては交通費もかかります
しかし、ネットでは適当にクリックするだけなので回ることに比べたら手間は少ないです
また、散々店を回った挙句欲しいものがない！というのもネットでは防げます
商品量が多いのもありますが、「ネットショップ」の数は多いので相当レアな品でない限り、見つかるとは思います
そして、今の話と類似していますが通販では値段が分かりますがお店で買う場合は実際に行かないと値段は分かりません
店頭価格をウェブサイトで載せている店舗もありますがそれ以外では骨折り損のくたびれもうけになってしまう可能性もあります
そういった意味でコスト的な安心は通販にあると思います
結論になっていませんが、値段も店やカードによって変わりますしサービスや応対も変わります
それらを自分で調べるなり歩くなりして総合的に判断して決めるのが良いと思います